O Memorial Casa de Afonso Pena nasce do encontro de duas histórias. Uma delas é o pequeno memorial com fotos e quadros montado em um canto da sala dos professores da Faculdade de Direito da UFMG no longínquo 1984.

Quando, na década de 1990, foi construído o prédio da Biblioteca Prof. Lydio Machado Bandeira de Mello, da Faculdade de Direito da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), o Memorial passou a ocupar o segundo andar desse prédio, onde fica uma réplica em tamanho real do antigo prédio que abrigava a Faculdade, o chamado Casarão da Praça da República (hoje Praça Afonso Arinos). Ao se deslocar para esse novo espaço, o Memorial se encontrou com o acervo de livros antigos da biblioteca, que também estavam naquele mesmo andar, na sala Assis Chateaubriand.

Desde 2021, o Memorial Casa de Afonso Pena é reconhecido pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade Federal de Minas Gerais (PRPq/UFMG) como Infraestrutura de Apoio à Pesquisa.